• 営業報告書の代わりに作成されることになった事業報告およびその附属明細書は「計算書類」の対象外になるとともに、会計監査人の監査対象外となったこと
• 会社法で新たに導入された臨時計算書類および株主資本等変動計算書が、会計監査人の監査対象となったこと

会社法においては会社計算規則154条において、監査報告の記載内容を定めています。旧商法では、計算書類等ごとに監査意見（適法意見）を記載することとされていましたが、会社法では一括して監査意見（適正意見）を記載するよう変更されており、会社法と証券取引法の監査報告は実質的に同じとなりました。

例えば、「正当な理由による会計方針の変更」は旧商法においては5号意見の扱いでしたが、会社法においては、証券取引法と同様追記情報に記載することとなり、会社法と証券取引法の監査報告に実質的な相違がなくなっているといえます。

また、後発事象（計算書類を修正すべきものを除く、「開示後発事象」）は、旧商法では営業報告書の記載事項とされていましたが、会社法では証券取引法と同様、注記事項になりました。後発事象に関しては、「後発事象に関する監査上の取扱い（監査委員会報告第76号　日本公認会計士協会）」が2006年6月に改正され、会社法と証券取引法の後発事象の監査上の取り扱いが同一となりました。